全国の医療機関にある診療情報を安全に集積し、複数の医療機関の診療情報が集合されたデータベース（EHR）を構築し、国民へ医療情報を開示する。更に、この医療情報を匿名加工して医療ビックデータとして臨床研究等に利活用することで、未来の医療発展に貢献する。

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このような夢を描きつつ、最初のシステム開発が始まったのが1995年であり、以来、徐々に賛同地域を増やして参りました。

2015年に開始された「次世代医療ICT基盤協議会」にて、新たに大規模なデータセンターを立ち上げ、「千年カルテ」として再スタートを切りました。2019年4月時点で、すでに全国で100以上の医療機関が参加しEHRとして機能し始めています。
また、匿名加工した診療データを研究に利用するために、匿名加工医療情報の利活用を促進する団体（一般社団法人（ライフデータイニシアティブ（LDI））を2018年4月に発足させました。LDIは、次世代医療法に基づき診療データの研究利用（臨床研究開発等）に貢献して参ります。